• 个体工商户或个人独资企业的登记不需要规定的注册资金，但要办理银行缴税帐户；有限责任公司登记既需要规定的注册资金，也需要银行缴税帐户。
• 个体工商户或个人独资企业负无限责任，有限责任公司以出资额为限负有限责任。
  个体户做生意亏了本，需对全部债务负责。有限公司亏了本，可向法院申请破产保护，且以出资额为限。
• 个体工商户或个人独资企业在登记时不能冠“某某公司”名称，只能叫“某某经营部、某某厂或某某设计室等”。
• 个体工商户或个人独资企业的登记不需要公司章程，有限责任公司需要有公司章程。

• 个体工商户或个人独资企业的征税一般采取定额定率征收；有限责任公司的征税，营业交易环节按发票征税，经营所得环节一般采取定率或查帐两种方式。

• 个体工商户或个人独资企业的经营所得只缴个人所得税；有限责任公司的经营所得既要缴纳企业所得税，也要缴纳个人所得税。
• 税务局对个体工商户或个人独资企业的帐务要求不高，税收征收也采取相对简便的方法；而对有限责任公司的帐务要求相对就高一些，特别是一般纳税人。
• 税务局主要对个体工商户或个人独资企业购领仟位数及以上面额的普通发票加强控制和管理；有限责任公司则主要从万位数及以上面额的发票加强控制和管理。随着信息技术的广泛深入应用，税务局无论对那一种企业形式的发票管理都在加强。

三是两者享有的权利不同。
　　(1)个人独资企业享有企业名称专用权，其企业名称可以依法转让。而个体工商户的字号名称一般不能转让。
　　(2)个人独资企业可以设立分支机构，由投资人或者其委托的代理人向分支机构所在地的工商行政管理机关申请登记，领取营业执照，分支机构的民事责任由设立该分支机构的个人独资企业承担。而个体工商户不能设立分支机构。
　　(3)个人独资企业享有广泛的经营自主权，包括依法申请贷款权、取得土地使用权、外贸经营权、获得有关技术权、广告发布权、商标印制权、招用职工权等。而个体工商户在土地使用、外贸经营、广告发布、商标印制及招用职工等权利上受到一定的限制。
　　(4)个人独资企业的投资人可以自行管理企业事务，也可以委托或者聘用其他具有民事行为能力的人负责企业事务的管理。而个体工商户必须亲自从事经营活动。
　　四是两者核发营业执照的期限不同。
　　工商行政管理机关在收到设立个人独资企业申请或变更申请文件之日起15日内，对符合法定条件的予以登记，发给营业执照。而工商行政管理机关在受理个体经营申请之日起30日内作出审查决定。
　　五是两者缴纳的税费不同。个人独资企业依照国家对企业征税的有关规定执行，不需交纳管理费。而个体工商户除依法纳税外，还必须向工商行政管理机关缴纳一定比例的管理费。
　　六是两者的清算程序不同。个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。而个体工商户歇业时无清算程序，只需向原登记机关办理歇业手续，缴销营业执照。
　　七是两者承担民事责任的时效期间不同。个人独资企业解散后，原投资人对企业存续期间的债务仍应承担偿还责任，但债权人在五年内未向债务人提出偿债请求的，该责任消灭。个人独资企业应当承担民事赔偿责任和缴纳罚款、罚金，其财产不足以支付的，应当先承担民事赔偿责任。而个体工商户偿还债务的时效期间及承担责任的先后顺序无特别规定，适用《民法通则》中有关两年的诉讼时效。