甲乙双方未经法定招投标程序签订《建设工程施工合同》，约定乙公司承建涉案工程，甲公司未按约支付进度款，合同履行过程中，双方签订《补充协议》，载明乙公司完成工程量价款2000万元，甲公司应于三个月内支付价款并以同期银行贷款利率四倍支付利息至实际支付之日。后甲公司未支付款项导致本案诉讼。甲公司抗辩因主合同无效，补充协议也应无效。

一种观点认为，因为承发包双方签订的《建设工程施工合同》因违反招标投标法律的强制性规定而无效，当事人在施工合同履行过程中作为主合同的补充协议当然无效。

我们认为，应该综合分析协议内容所反映出来的当事人之间权利义务关系性质及与施工合同之间法律关系，并不应以是否冠以“补充协议”称谓而简单认定二者主从关系，如果协议内容属于承发包双方对于既存债权债务关系清理，具有独立性，根据合同法第九十八条规定，合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力，本案不因《建设工程施工合同》无效而《补充协议》必然无效，且从诚实信用原则出发，不当扩大合同无效后果边界亦易导致当事人利益失衡。